O metano é um gás combustível, que pode ser aproveitado para geração de energia térmica, elétrica e como combustível veicular.

Na segunda etapa, os produtos metabólicos do primeiro grupo são então convertidos em acetado e hidrogênio pelas bactérias acetogênicas sintróficas, associadas às bactérias utilizadoras de hidrogênio. 

Na terceira etapa, bactérias metanogênicas convertem acetato, formiato, hidrogênio, entre outros, em metano e dióxido de carbono. 

O passo limitante do processo é a metanogênese, pois as bactérias responsáveis por essa etapa são as mais lentas e mais sensíveis às variações do meio. O bom desempenho do processo depende da manutenção do equilíbrio entre as populações microbianas envolvidas. 

É alimentado sucessivamente através da caixa de alimentação por meio de dutos. O biogás é removido pela saída de gás, localizado acima do biodigestor, e o biofertilizante, é retirado por meio de canos de saída. 

Para alimentar esse biodigestor, é necessário colocar muita matéria orgânica de uma vez só. Em seguida, o sistema é fechado, e não é permitido a entrada de oxigênio. Após esse procedimento, o biodigestor fica fechado por um período de 40 a 60 dias, e após esse período, pode-se iniciar um novo ciclo de alimentação.